نگارهٔ داریوش بر روی یک گلدان قدیمی یونانی
همیشه در دربار ایران کسانی بوده اند که ایران را تحریک می کردند که در امور یونان دخالت کند از جمله یونانی های فراری.اما کسانی هم بودند که معتقد بودند که جنگ با یونان بی نتیجه است.داریوش هم قصد لشکر کشی نداشت اما خود یونانی ها او را مجبور کردند.هر چند داریوش توانست شورش مستعمرات ایران در یونان را فرو بنشاند ولی تحریکات آتن ، اسپارت و در این کشورها قطع نشد.
درین ایام آتن برخلاف اسپارت نسبت به ایران اظهار انقیاد یا وفاداری کرده بود، معهذا هنگامی که شورشهایی در شهرهای یونانی نشین آسیای صغیر (غرب ترکیهٔ کنونی) درگرفت، اسپارتها، حاضر به حمایت از شورشگران نشدند و این آتنیها بودند که حاضر شدند، به شورشیان کمک کنند.در سال ۴۹۸ قبل از میلاد شورشیان به همراهی آتنیها شهر سارد (پایتخت سابق لیدیه) را که پنجاه سال قبل به تصرف ایران درآمده بود، آتش زدند اما تسخیر بر ارگ ممکن نشد و شورشگران از سارد عقب نشینی کردند و گرفتار تعقیب و انتقام ایرانیان شدند.داریوش از شرکت آتنی ها در آتش زدن معبد شهر سارد بسیار ناراخت شد و پس از فرو نشاندن شورش در آسیای صغیر خطر یونانیها در آنسوی دریا را به داریوش یادآور شد. سال بعد فرستادگان شاه به شهرهای یونان رفتند و همه جا از یونانیان خواستند تا نسبت به وی انقیاد خود را اعلام کنند و خاک و آب بفرستند. در آتن و اسپارت برخلاف آنچه رسم بینالمللی بود، فرستادگان داریوش را کشتند و برای داریوش اعزام سپاهی جهت تنبیه آنها اجتناب ناپذیر شد.وحشت و خشم بیسابقهای که در یونان پدید آمده بود، باعث شد که آتن و اسپارت منازعات دیرین خود را فراموش کنند و برای دفاع از یونان با هم متحد شوند. اسپارت که با بیمیلی خود را آماده همکاری با آتن کرده بود، بسیج خود را آنقدر به تأخیر انداخت که وقتی نیروی او به کمک آتن رسید، نبرد ماراتون، به پایان رسیده بود.سپس داریوش به فکر تنبیه یونانی ها افتاد که آب و خاک خود را به او تسلیم نکرده بودند. داریوش یک سپاه را با تعدادی کشتی جنگی از راه ترکیه به یونان و جزایر دریای مدیترانه فرستاد. این سپاه ابتدا اکثر جزایر را تک تک تصرف نمود.سپاه ایرانیان ابتدا شهر ارت ره را گرفتند و مردمان آن را به آسیا فرستادند.بعد ششصد کشتی ایرلنی به شبه جزیره ی آتیک که آتن در آن واقع است رسیدند و لنگر انداختند. قبل از شروع جنگ آتنی ها ، سفیرانی را نزد اسپارتی ها فرستادند و از آنها تقاضای کمک کردند. این سفیران به اسپارتی ها گفتند که آتن برای این از شما تقاضای کمک می کند تا خارجی ها بر یونان تسلط پیدا نکنند.اما از کمک اسپارت خبری نشد و آتنی ها در ابتدا می خواستند جنگ نکننداما میلیتاد یکی از نجیب زادگان یونانی اهالی را به جنگ تحریک کرد.سپاه آتنی به فرماندهی میلیتاد بیرون آمد و حرکت کرد.در راه عده ایی هم از پلاته به سپاه آمدند تا کمک کنند چون قبلا در یک جنگ آتنی ها به آنها کمک کرده بودند و این سپاه ماراتن را اشغال کرد.یونانی ها چون می دانستند ایرانی ها تیراندازان ماهری هستند و از دور نمی توان با آنها مقلبله کرد بی پروا به سپاه ایرانی زده و جنگ آغاز شد.سپاه آتنی اسلحه های و زره ها و سپر های محکمی داشتند ولی سپاه ایرانی زره و کلاه خود که یونانی ها داشتند را نداشت و سپر هایشان هم استحکام سپر های یونانی ها را نداشت. از آنجایی که قلب سپاه ایران بسیار قوی بود بزودی قلب سپاه یونان را شکافت و به پیش رفت ولی چون سپاهیان دو جناح راست و چپ یونان قوی تر بودند توانستند بر سپاه پارسی پیروز شوند. پارس ها به طرف کشتی های خود عقب نشینی کردند و سوار کشتی های خود شدند ولی ۴۰۰۰ هزار نفر تلفات دادند. آن قسمت از سپاهیان ایران که توانستند سوار کشتی شوند تصمیم گرفتند که از راه دریا به آتن حمله کنند چون در آن زمان تقریبا تمام اهالی آتن در میدان جنگ بودند و شهر خالی از سکنه شده بود اما میلیتاد از نقشه انها آگاه شد و برای دغاع به آتن رفت.پارس ها توانستند یکی از بندرهای مهم یونان را در نزدیکی آتن تصرف کنند ولی پس از مدتی به آسیا برگشتند.چهار سال بعد از این واقعه داریوش در میان تدارکاتی که برای جنگ جدید با یونان بود در سال ۴۸۶ پیش از میلاد در گذشت.برخی از مورخین معتقد بودند اگر عمر به داریوش وفا میکرد داریوش جبران میکرد و کار یونان سخت می شد.